Recientemente, he tenido que actualizar versiones de MySQL, desde 5.1 a 5.5 y de 5.5 a 5.7. En varios casos, luego de ejecutar el upgrade, el servicio no levanta por algun problema con el usuario root o similares. Yo logré resolverlos así:

Arrancas el MySQL por consola 

mysqld --skip-grant-tables

Luego

mysql_upgrade 
killall mysqld
service mysqld restart